Le règne végétal et le règne animal sont l’essence même du Brugse Vaart. Faune et flore font l’objet d’une attention toute particulière dans l’ensemble du domaine ainsi que sur le parcours.
Le domaine, l’un des rares à collaborer avec des instituts zoologiques, accueille depuis toujours une avifaune aquatique très diversifiée. Le suivi de ces oiseaux exige une grande expérience; leur reproduction en captivité permet de créer une réserve d’animaux et de parfaire nos connaissances en vue de les protéger des dangers qui menacent ces mêmes populations vivant à l’état sauvage.
Le domaine constitue un véritable arboretum, c’est à dire un recueil systématique d’essences d’arbres au service de la science. Quelque 500 espèces d’arbres et arbustes forment actuellement l’épine dorsale du domaine; les plus mémorables sont sans aucun doute nos respectables oliviers âgés de plus de 500 ans qui, été comme hiver et depuis les temps immémoriaux, plongent leurs racines dans la terre du domaine. Cette vaste collection s’enrichit continuellement d’espèces rares et nouvelles.
Le Brugse Vaart possède sa propre pépinière où sont cultivées les espèces rares qui seront ensuite replantées le long du parcours.