Fauna en flora behoren tot de essentie van de Brugse Vaart. Op het domein en zijn golfbaan is een bijzondere aandacht besteed aan planten en dieren.
Traditioneel gezien herbergt het domein, als één van de weinige in samenwerking met zoölogische instituten, een grote collectie watervogels. De verzorging van deze vogels vergt een expertise en ervaring met als doel om hen in gevangenschap te laten kweken zodat op die manier een buffer van dieren en kennis kan worden opgebouwd tegen de bedreigingen waarmee de in het wild levende populaties af te rekenen hebben.
Het domein is een echt arboretum, d.i. systematische verzameling van aangeplante boomsoorten ten dienste van de wetenschap. Tot nu toe vormen meer dan 500 verschillende soorten bomen en struiken, de ruggengraat van het domein. Als blikvanger zijn daar de meer dan 500 jaar oude olijfbomen die al sinds geruime tijd zomer en winter op het domein in volle grond staan. Verder wordt de collectie continu aangevuld met nieuwe, moeilijk te vinden soorten.
De Brugse Vaart beschikt over eigen boomkwekerijen om zeldzame soorten op te kweken en ze vervolgens uit te planten in het parcours.